新落成的奉天殿有东暖阁和西暖阁这两座附属的楼阁，其中东暖阁是朱慈烺办公、批阅奏章和召开两府小朝会的地方。而西暖阁则是朱慈烺处理军务机要的所在，一天十二个时辰都有大元帅府参谋司的参军在那里值班——参谋司大元帅府下的一个衙署，在朱慈烺登基后，抚军大元帅就进行了一番改组，曾经由朱慈烺担任的大元帅一职将会长久出缺，同时设立了大元帅府左右军师这两个职位，主持大元帅府的日常工作。

左右军师之下，则是参谋司、军学司、海军司、右通政司、武卫司等五司，以及锦衣卫、上直卫等两卫。

其中参谋司类似后世的总参谋部，长官称参谋司使，由左右军师中的一人兼任，现任的参谋司使就是右军师吴国勇。

军学司顾名思义是管理军事教育的，长官称军学司使，同样由左右军师中的一人兼任，现任的军学司使是左军师李岩。

海军司是管海军（水军）的，海军司使是黄斌卿，目前归其管辖的仍旧只有长江水师……真正的海军可不是说建就能建起来的，必须有一个积累水手和发展造船业的过程——而且水手和造船业往往又和海洋贸易的中心港口挂钩，只有在中心港口，水手和船厂才会大量聚集。

在眼下的南明，能够称为“中心港口”城市只有广州、泉州和正在蓬勃发展中的上海。

其中上海虽然发展很快，但是底蕴终究不足，没有个十年二十年的，也很难替代广州、泉州成为天下第一港。

而广州、泉州又处于南明皇权控制能力的边缘……也不是说掌控就能掌控的！

泉州姓了郑，就不必多说了。广府的情况也好不到哪儿去，虽然曹友义已经带着二三十万“讨饭团”去广府安家，还在人烟稀少的“港深”一带筑城开垦，但是他们的到来，最多也就是震慑一下广府、肇庆、惠州一带的土客豪族，连潮汕那边都不大买账，活跃在广东沿海一带的海商、海贼就更不受控制了……

右通政司管的是军邮，也就是信息、命令的传递。现任的司使是恭顺侯吴汝征。

武卫司管人事的，不过不是管理全部人事，只管军官任职和调度，不管军官的升迁、降级和考功——也就是军官去哪里任职，由大元帅府武卫司管。而军官的升降裁汰，由兵部考功司管。

目前掌握武卫司的是从山东回来的李若琏。

锦衣卫还和原来一样，是个特务组织，由朱纯杰控制。

而上直卫则是个管质子的衙门——朱慈烺还是部分采纳了《谏封建议政疏》中的建议，实行“官府者官府之，封建者封建之”的政策，对于暂时没有能力实行流官管理的地盘，采取分封藩主（内藩，臣服大明的藩属国称为外藩）的办法加以控制。而受封的藩主，就要交出人质，通常是质子，到了南京、武汉后，就授予一个上直卫的官职养（控制）起来。

而藩主的称号，目前暂时了节度使、宣慰使、镇守使、藩王、藩国公、藩侯和自治市议事局——这个议事局是个“集体藩主”，不是由自然人，而是由一个集体共同担任藩主！

可别以为这种看着像议会民主的制度是朱慈烺从后市抄来的，朱慈烺现在是皇上，才不会喜欢议会什么的呢！