作为内阁首辅，高拱负责的是吏治改革方面。吏治是国家政治制度的基本制度，吏治败坏是政治败坏的产物，而它的败坏，又反过来催化了政治的败坏。不仅会招致吏治腐败、官场黑暗，而且使大明朝陷入了边事废弛，财政困难，民众困穷，社会的窘境。

对于大明吏治的根本问题，高拱在《除八弊疏》中，已经有了深刻的阐述，然而要进行改革，还必须将其具体化，然后对症下药，高拱在一系列奏疏中，便一一列出：

其弊一，选官不问其才，升官只论资格。这是用人制度上最大的弊端。原先太祖时期，选官唯用其贤，毋问其资格。然而宣德后，渐渐以资格为论。高拱的《议处科目人才以兴治道疏》中，说州县正官以上的官员，进士具其七，‘其系进士出身者，则众尚之，甚至以罪为功。其系举人者，则众薄之，甚至以功为罪。’事实上，科甲官普遍存在着眼高手低，不通政事的毛病，只会虚文应上，急政沽名而已，而真正能行实政、及于民者，却寥寥无几。反而那些举人出身的科贡官，因为长期从事事务性工作，对民生政务要更加熟悉，也更适合担负牧民之责。

然而，本朝对于进士官和科贡官，存在着严重的区别对待。举荐、升迁这些优待，全都是进士官的专利；而吃苦受累背黑锅，则是科贡官的待遇，且毫无前途可言。这样非但压抑了大量人才，不利于激励各级官吏勤于政事，为国效力，也助长了科甲出身的官吏的胡作非为。

其弊二，考核失实，赏罚混乱。本朝原有十分完善严格的考核、赏罚制度。然而自成化以来，出现了严重的问题。一是把这考核纠劾作为结党营私、排斥异己的工具。二是毁誉失实，赏罚无章。高拱不仅在奏疏中，揭露了各省抚按官有法不依，任意轻重的状况，还指出官官相护，‘对大奸大恶者不敢问而佯作不知，甚至称其高品，纵豺狼以当道，觅狐鼠以塞责。’三是惩汰官吏不从实际出发，循以定额，‘数十年来，考察惩汰之数竟有定额，以是袭为故常。其数既足，虽有不肖，姑置不论；其数不足，虽无其人，强索以充。’

其弊三，鄙薄边官及盐、马之官。高拱指出，派往蓟、辽、山、陕等边方的官员，‘非杂流则迁谪，非迁谪则才力不堪之人，盖以劣处之也。’对盐马官基本情况，他也作了分析，说‘近年以来，实之甚轻，就算是卿使正官，也皆以考不称职，有物议者充之。’

其弊四，以权谋私，不择手段。高拱在奏疏中，述及现今的官场状况说：‘今人做官，只于猎取高官肥缺，一片软然成风，低头闭目，奔趋巧媚，以为善官。’为了以权谋私，相互倾轧，至于官吏贪污，更是比比皆是，习以成风。

其弊五，玩忽职守，有令不行。由于吏治腐败，用人无道，赏罚无章，居官者多不专心职守，致仕法度废弛，政令不行。朝廷诏旨，抄到各部，视为故纸，禁之不止，令之不从。各部间文移往来，历时数月着屡见不鲜。

凡此等等，可见嘉隆年间吏治腐败之梗概。

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对于此，高拱制定了一整套的改革措施。

针对其弊一‘选官不问其才，升官只论资格’，对策是‘选贤用能，不论出身’。他责成吏部，对于进士官、举人官、和监生官要三途并举，只在授官时论其出身资格，步入仕途后，则一切凭政绩说话，不问其出身。并请皇帝下旨都察院并各抚按官，务必摒弃旧有思想，但系贤能、一体保荐，亦不得复有低昂。他声称，如果按此执行，则进士不得独骄，举人皆以自效，而善政必多。就算不能人人皆然，而十乡之中，少可亦有六七，则亦过半矣。善政多安，民安则国克富。

然后，在‘不论出身’的原则基础上广求贤能。他在署吏部事后，便责令所属司官廉访贤才，并将孰贤孰能登记造册以备用；又授策天下有司曰，还要求地方各州府大力发现人才，但系贤才，则出身皆不必论，必与推荐，不得故意遗漏。

接着，对初选出来的人才加以培养。高拱说：‘朝廷用人，必先养人，若无养之于先，则用之亦充数而已。仆诚欲养于未用之先，以辨其才；乃用于既养之后，以充其任。’他的主张是，将前一步初选出来的人才，先放到各衙门或地方任属官，使其积累经验，朝廷也好辨其贤否，根据特点，委以重任。