南路，胡轸、吕布、华雄出伊阙关、大谷关，攻打鲁阳。
以上三路兵马并非同时出兵，董卓的战略是先北后东，在南线维持一段时间的守势。但这个计划一开始就遭到了挫折：牛辅渡黄河之后，遭到白波领袖郭泰的激烈抵抗，反而狼狈而归。董卓见出师不利，大为惊恐，认为白波军尚且如此难以对付，二袁的部队想必更加强大。洛阳虽有天险保护，但三面受敌，战线过长，于是董卓便有了迁都长安之意。
其实，迁都长安并非出自董卓的意旨，而是整个凉州军阀集团的兴趣所在，所以是大势所趋。在下文中，我们就将发现，董卓在某种程度上说，几乎是边章、韩遂的一个傀儡。
听说要迁都长安，朝廷大臣都不赞成，但除了河南尹朱儁以外，无人敢于明确表态。董卓于是召开会议，搬出东汉时期最受重视的图谶，发言说：“高祖皇帝建都关中，历11世；光武帝建都洛阳，至今也过了11世。依照《石包谶》的预言，应当迁都长安，以符合天人感应。”
司徒杨彪反对说：“海内动起来很容易，安定下来却很难。移都改制是天下大事，盘庚迁亳，商朝的老百姓还抱怨不已。过去关中因为王莽之乱残破，所以光武帝才建都洛阳，历年已久，百姓安乐。现在无故迁都，容易导致祸乱。《石包谶》是妖邪之书，岂可相信？再说长安的宫室坏败已久，恐怕难以很快修复吧。”
董卓回答：“关中肥饶，秦借此并吞六国。武帝时在杜陵南山造有数千处瓦窑，建筑材料齐备，再加上凉州丰富的木材，造起来不难。老百姓的意见无所谓！谁敢反对，我发兵驱赶，即便前面是大海，他们也得跳下去。”
看到杨彪依然不服，董卓急了，于是说道：“边章、韩遂刚才有书信来，一定要让朝廷迁都。如果大兵出动，我不能再相救，你们便可与袁家西行。”
董卓的这段话实在有意思。边章、韩遂不是前几年以讨宦官为名，与朝廷对抗的叛乱分子吗？董卓不是多年与之交战吗？怎么现在当了相国，反而拿边章、韩遂当太上皇了，还指望他们控制的凉州给新都建设提供木材？另外，包括太傅袁隗在内，袁家成员在袁绍、袁术起兵之后，如何还安然无恙，董卓居然要安排他们西行？
这还得从董卓入京前说起。董卓本来被拜为并州牧，后来受何进、袁绍的召唤，率3千兵马入京，虽然获得了一些增援，又兼并了何进、何苗与丁原的部下，但兵力仍嫌不足。同时，左将军皇甫嵩与京兆尹盖勋率精兵3万屯驻在长安一带，虽然一度密谋攻击董卓，但最终却无所作为。公元190年，皇甫嵩被拜为城门校尉，长史梁衍劝他趁献帝西迁之机迎驾，与袁绍联手攻董卓，皇甫嵩不肯同意，与盖勋老老实实地臣服于董卓，这其中必有隐情。
把上述种种怪事联系起来，便只能得出一种结论：董卓入京之前，与边章、韩遂（当然还有马腾）达成了秘密协议，董卓保证完成屠杀宦官、控制朝政的任务，而边章、韩遂则给董卓以支援，并发兵拖住皇甫嵩，令其不得轻举妄动。边章、韩遂拥有凉州精兵十余万，以往皇甫嵩与董卓联军4～6万人，尚且疲于招架，如今皇甫嵩只有孤军3万，更是独木难支。董卓麾下有相当一部分军队是边章、韩遂的旧部，这些人大多是羌胡，很不容易控制，整日劫掠百姓，又奢求宫人美女，即便以董卓、李傕之凶悍，也要畏惧他们三分。献帝西迁长安，可能正如董卓所说，也出自边章、韩遂之谋，意在加强对朝廷的控制，而不是因为被反董联军击败（双方此时尚未交战）。董卓要仰仗边章、韩遂的支持，才能享受荣华富贵，又担心洛阳容易被联军与反对自己的士大夫内应外合，突袭得手，自己便会落得一无所有，所以也积极推行边章、韩遂的迁都计划。
至于袁家，在袁绍、袁术起兵之后，已经被排斥出了最高决策集团，但还保留着官职。董卓让袁家成员带头西迁，也是怕他们与袁绍、袁术取得联络，内应外合，威胁自己。
看到董卓迁都的态度坚定，司空荀爽便出面支持这一建议，但杨彪和太尉黄琬仍然坚决反对，城门校尉伍琼、督军校尉周毖也附议。董卓于是将杨彪、黄琬降职为光禄大夫，拜光禄勋赵谦为太尉，太仆王允为司徒，又以推荐叛贼为州郡长官为名，处死伍琼、周毖。越骑校尉伍孚行刺董卓，结果失败被杀，迁都之事于是不可挽回。
二月丁亥日，献帝君臣与数十万百姓西迁。因为道路拥挤，物资匮乏，人们相互践踏，死者遍野。董卓及其诸将仍然驻扎在洛阳，四处搜刮民财以充军费，吕布又发掘帝陵和公卿豪强的家族墓葬，掠取其中的珍宝，送到董卓的封地郿坞。
三月乙巳日，献帝车驾抵达长安，先住在盖勋故居京兆府舍，后来未央宫装修完毕，这才搬了进去。因为董卓没有来，朝政全部委托给司徒王允管理，董卓对他也十分放心。
三月戊午日，董卓指使司隶校尉宣璠在长安处死了包括太傅袁隗夫妻及其3个儿子、袁绍和袁术的哥哥太仆袁基在内的袁家男女老幼50余人，先将遗体埋在青城门外、东都门内，尔后担心被人盗取，又改葬于郿坞。虽然袁家成员死了这么多，却无一人能够再得到蔡邕写的墓志铭了。此时，蔡邕正依附在董卓的身边，享受着袁家从未授予他的荣华富贵（拜左中郎将，封高阳乡侯），心中也一定为自己永远不必再撰写碑铭而高兴呢——毕竟，蔡邕当年已经59虚岁，再不在官场上有所建树，以后就没机会了。
看来，董卓原本并无意杀死袁氏一家，所以才带他们西迁，而不是在袁绍起兵时，就将他们在洛阳处决。但在西迁之后，袁隗与袁绍、袁术暗中往来，企图利用董卓尚未抵达长安之机，颠覆他在长安的统治，性格又如袁术所说，“仁慈恻隐”，不够狠毒果决，导致计划败露，是他一家惨遭杀身之祸的根源。由此，袁家与董卓之间的仇恨更加不共戴天。故吏杀害师尊，这在东汉历史上还从未有过，必然导致董卓大失人心。天下受过袁家恩惠的豪杰听说袁隗全家遇害，都深感哀痛，纷纷投奔袁绍，要为他报仇雪恨。