有历史学者评论护法运动的手法：运动虽名为“护法”，但实际上以法律程序看，广州“非常国会”每次开会皆少于法定人数。因此，实际上，军政府自成立始，并不符合法定程序。

广州军政府成立之后，亦一直未为外国所承认。而在孙文成立军政府之前，民国依然能保存表面上的统一。

孙文另立政府、建新法统的做法，以及护法其间，孙文多次反对和谈，坚持武力北伐，客观上对中华民国的统一局面造成了破坏。此例一开，之后的数十年间，中国境内出现过各式各样，自称为真正“革命”、“合法”、寿命长短不一的政府，不下一、二十个。

另外，根据近年发表的研究资料，孙文首次从上海到广州护法前，因为其反对中国参战的态度，曾经得到德国政府二百万银圆的资助。

孙文是以此为资本，得以贿赂为北洋政府排挤的海军，以及资助原国会议员南下广州开会。西南各系军阀性质类近佣兵，当孙文财力枯萎时便起而反之。

就算是当时的广州市民，对于由孙文招徕的“客军”开赌卖烟土、政府欠缺实干革命精神、忽视市政建设等弊病，感到厌恶，因而对孙文亦不存好感（以上对护法运动评价资料转自百度）。

全国上下，除了孙文感到郁闷外，更郁闷的是梁启超。

原来第三势力领袖是中国进步党党主席梁启超，在其得意高徒蔡锷，另一个高徒戴戡成为四川督军的时候，梁启超认为中国进步党已经成为全国第三大势力，如果蔡锷、戴堪两人，有一人能够顺利成为川督，治理四川，如此中国进步党早已经是全国第三大势力了。

但是风云突变，自己爱徒蔡锷、戴戡相继死去（参观邓公在广安纪念堂，邓公父亲就是中国进步党党员，在戴堪被杀后，邓公父亲躲避仇家）

现在，大家都知道，中国进步党已经不进步了，大家都知道中国进步党已经成为过眼黄花，现在中华进步党，只能混迹于北洋军阀、南方护法政府之间，苟延残喘而已。

在川省，在西南地区，很多旧日中国进步党成员，早已经感受到这种变化，在蒲殿俊、罗伦等人带动下，已经纷纷改投中国人民党门下了。

孙文虽然有点郁闷，但是毕竟在成立当日，杨兴宣布承认自己为革命领袖，宣誓就任护国军政府元帅职务。

此外，对于背叛自己的桂系军阀，及其推举的代理人岑春煊，杨兴已经通电反对，且声言，除了孙文外，其他一概不予承认。

更让人惊讶的是，在护法军政府已经完成改组后，杨兴竟然在对外电文中，全部以护法军政府元帅职务。

而不是最新生效的政务总裁。

不过有的持阴谋论者认为，杨兴坚持以护法军政府元帅之名，实际上是清白无误的向世人宣称，自己是除孙文之外，中国第二号革命领导人。（历史上听闻孙文病重的时候，唐继尧一改过去将护国军元帅摔在一边的态度，公开宣誓自己为护国军元帅，希望以此来继承孙文的衣钵。