而在南京的多铎得知水师惨败，商家军的战舰一直开到南京附近的江面上，炮轰金川门，也不禁大为震惊，还以为这一次商家军是要全力进攻长江了。因为这时清军在南京城内的守军不足三万，根本防不住南京漫长的城墙，如果商家军派出一支部队在南京附近登陆，攻入南京城里来，也不是不可能的。

虽然这并不意味着南京就一定失守了，但如果让商家军在南京城里站稳脚跟，再想把他们赶出去，可就不那么容易了。多铎可是知道，在阿济格攻取南京的时候，商家军以不足三万的兵力，守在南京城里，和近十万清军对抗了近一个月的时间。因此多铎可是说什么也不敢让商家军杀入南京城里来。

于是多铎也做出了商毅最希望他做出的选择，下令命鳌拜率部渡江，进驻南京驻守。

而就在鳌拜部从庐州重新开拔之后，这一次作战的目地也达到了，于是商毅也下令成进、杨武丞收兵回浙江，暂时驻扎。等待最后的时机。

不过就在这时，福建又传来了最新的消息：隆武帝朱聿键被清军抓获。

原来朱聿键一行离开福州以后，沿海边北进，赶往福宁州。这时清军的兵锋己经到达离福州不足四十里的竹琦镇。但由于郑芝龙将所有军队几乎全都带来，因此朱聿键等一行对清军实际已经接近了自己，还一点都没有查觉到。

而这时朱聿键身边只有郑成功留给他的不到五百名士兵保护，而在这样的情况下，朱聿键还带了大批书籍和宗室、内待、宫人、随驾官员一起出发，根本没有轻装前进。结果一行人走得极慢，走了一天才到达罗源县，连福州府境内都没有走出去。

就在朱聿键刚离开福州不到两个时辰，觉罗巴哈纳就率军攻入了福州，从投降的官员那里得知朱聿键己经北逃，准备进入浙江去投奔商毅。觉罗巴哈纳当然不知道，商毅根本就没打算接纳朱聿键，再他看来，现在商毅本来就己经很难对付了，如果让朱聿键逃进浙江，让商毅获得了拥立皇帝的正统名议，说不定就能以此号招整个南方，共同来抵抗清军。因此说什么也不能让朱聿键进入浙江。

于是觉罗巴哈纳也连夜派人飞报驻守在邵武府的尚可喜，让他立刻出兵攻占建宁、政和等地，封锁住从福建通向浙江的各条道路。而自已也带领着人马，从福州出击，追击朱聿键一行。

而朱聿键尚不知大难就在眼前，当夜就在罗源县休息，因为随行携带的东西太多，因此朱聿键在晚上招见罗源知县吴德操，让他招集民役千名，马驴牲口二百匹听用。但这时罗源县的百姓听说清军杀到福州府，早就吓待四处逃窜，谁还愿意给朱聿键当民役，而马驴牲口更是一匹都找不着，结果到了第二天，吴徳操也只能两手空空来见朱聿键交差。

朱聿键自然不高兴，正要申诉吴徳操几句，就在这旪，随行的忠诚伯周之藩来报，清军己经追来了，离罗源县已不足十里。朱聿键闻迅之后，也不由大惊失色，也顾不得再责备吴徳操，赶忙带着曾皇后、沈嫔、陈嫔，在大学士何吾驺、忠诚伯周之藩、给事中熊伟、锦衣卫陆昆亨等人的保护下，出城向北狂奔。其他的随行官员、士兵、内待等等也都作鸟兽散了。

何吾驺十分滑头，估计跟着朱聿键一起没有好结果了，因此假装坠马垂死，然后在山林里躲了几天，从小道逃脱，返回自己的原籍广东。而朱聿键一行慌不驿路，逃进了霍童山里，结果朦头转向，分不出方向来。

而在一天之后，觉罗巴哈纳率领大军赶到，分兵搜山，在一处山凹中发现了朱聿键一行，结果朱聿键、曾皇后、沈嫔、陈嫔都被清军抓获，周之藩、熊伟力战而亡，只有陆昆亨杀出了重围，侥幸逃脱。

虽然这时郑成功终于在泉州府一带招集到一批人马，并且找到十几艘大船，沿着闽江溯江而上，想到解救朱聿键，可惜遭遇到清军的大军，被一战击败，只好退回到安平城。

觉罗巴哈纳带着抓住朱聿键一行返回福州时，勒克徳浑、洪承畴也都到达福州，同时在福建被抓的明朝宗氏还有阳曲王朱盛渡、西河王朱盛佺、松滋王朱演汉、西城王朱通简等人，在几天以后，都被勒克徳浑下令，就在福州一同处斩。

南明的隆武朝廷，也被清军灭亡。