目前商家军陆军部的总兵力超过了十七万，尽管不是所有的部队都装配上足够的兵器，但和江淮战役的时候相比，无论是兵力总数，还是整体的作战能力，都得到了明显的提高。另外在海军部的，下属还有三万六千多兵力，其中可以用于陆战的兵力可以达到一万五千人，这也是一支不可忽视的辅足力量。
因此在盘点完了自己现有的兵力之后，商毅又一次清楚的认识到，和自己刚刚来到这个时代相比，自己己经拥有了足够强大的实力，手下有一支强大的军队，有超过二十万平方公里的领地，有八百多万民众，拥有足够的财力物力，甚致还占领了两个大型海岛，也就是说，就算是失败了，也有足够的后路可退，那还怕什么，就再和清军大战一场就是了。
不过由于军队的扩大，也使商家军在未来的大兵团作战会增加，而目前最高的师级编制显然不能符合现在的作战要求，因此商毅也决定，在师级以上，再提高一级，进行军级编制，将目前的全部兵力编成五个军。
浙江战区，第一军：下辖第一、五、九师，第一、五旅。由成进任军长，赵英杰任副军长，尤洪亮任参谋长，付责驻守江南地区，总指挥部设在杭州；第二军：辖 第三、四师、六师，第三旅，由罗运斌任军长，王信任副军长，刘伯涛任参谋长，付责驻守江北地区，总指挥部设在扬州；第三军：辖第九师、骑兵师、特种兵大队和第六旅，由杨武丞任军长、段鹏任副军长。属于机动兵力，江南江北调动作战，但总指挥部仍然设在杭州。
山东战区，第四军：辖第二师、第二、四旅、骑兵旅和特种兵团。由周少桓任军长、蒋义渠任副军长，唐镇任参谋长，付责驻守整个山东战区，总指挥部设在登州；第五军：辖第八师，第七旅，军长由周少桓兼任，童大勇任副军长，鲍铜钢任参谋长，付责驻守靑州地区，总指挥部设在穆陵关，平时由童大勇代理军长的职权。
对于这样的新编制，统战部的其他人员都没有意见，毕竟现在全军己经有十个师的编制，如果还按师为最高级战斗编制，确实会使指挥权过于分散。稍微有一点出人意料的是，由周少桓一人身兼两个军的军长，不过山东战区离浙江确太远了，既使是有了飞鸽传书，也来不及做到极时的指挥，因此需要一个统一的指挥部。而且第五军的人数明显偏少，实际只有半个军。
因为时间里迫，军部的成员也各兼任以前师级职务，因此人员也不需要重新调整，可以说很快就能快完整编，而商毅也开始考虑，在南京失守之后，商家军的整体作战安排。
现在清军的战略计划己经十分清楚了，就是在山东主守，江淮牵制，主攻长江中游。而在清军攻占南京之后，一定会集中优势兵力，以南京为基地，前来进攻浙江，因此在江南地区，恐怕也只能以战略防守为主，并以杭州、苏州两地为防守核心。
因为杭州是目前商毅集团的行政机构所在，绝大部份士兵的家属，还有重要的工厂、学校、对外港口都设立在杭州附近，因此杭州绝不容有失的。而苏州是商毅集 团除了杭州以外，在江南的最重要城市，主要的出口商品丝绸，几乎都是在苏州生产，同时苏州还足连结着江北地区，和控制长江入海口的重要战略位置，因此苏州无论如何也一定要保住。
当然一味的防守显然不是上策，什么死守城池，也从来都不是商毅所考虑的战斗方式，既使是在战略防守，也一定是要守中带攻。因为在商毅的战术指导思想中，防守只不过是为了反击而做的准备工作。因此商毅很快就开始考虑，如何向清军发动反击。
虽然清军在夺取了南京之后，确实占据了战略主动权，但由于这一次南侵清廷本身就十分免强，而且战线拉得太长，因此商家军的反击点依然很多。
首先南京就是清军的一个最大弱点，因为南京城本身过于庞大，而且又滨临长江，因此想要完全守住，则需要在水陆两线都布置大量的兵力，在另一时空里的十余年后，郑成功就利用自己的水上优势，从长江入海口发动对南京的突然进攻，一度打得清军十分被动，如果不是当时郑成功优柔寡断，一再错过战机，这一战就可以攻下南京了。
但这个战术角度来说，这无疑一个极好的从水上突袭南京战例，商毅完全可以学习使用，而且和那个时候的郑成功相比，商毅的海上实力，则要更胜一筹，同时还控制着长江入海口，而郑成功所犯的错误，商毅自信自己决不会再犯。
另外在江北、山东两个战区，清军的兵力都较为簿弱，由其是在山东，尽管清军有近七万大军驻守，但基本都是杂牌军，战斗力并不强，而且这两个战区也己经被连成一片，因此完全可以集中兵力，选择一个合适的地方，比如商毅一直念念不忘的徐州，或者是济南、兖州等地主动向清军发动进攻，打几个胜仗，歼灭一部份清军，也能移牵制清军在江南的兵力。
同时商毅还有一个大胆的支划，在必要的时候，完全可以充伤发挥商家军海军的绝对优势，就像去年救援北京一样，从海上发动突然袭击，而这一次商毅攻击的首要目标可就不是北京了，而且是清廷的真正老剿盛京，也就是后世的沈阳。
尽管清廷己经入主北京，但毕竟时间不长，盛京在满人的心目中，依然还有十分重要的位置，同时清廷历代先君，还有爱新觉罗氏先祖的陵寝，也都建在盛京。因此一但盛京遭到袭击，对清廷在精神和心里上的打击将会是十分沉重的，同时对自己也是一个极大的鼓舞。