不过这些去投奔万荣的义军俘虏，在途中遭到来自沁水的曹文诏部的攻击，手无寸铁的义军俘虏，被曹文诏、曹变蛟叔侄屠杀过半，这些被薛六释放的义军俘虏，只有五六千人义军逃到了万荣，其余的义军纷纷四散奔逃，后来很多义军将士逃到北直隶、河南、山东境内流浪作乱。
紫金梁率领闯将李自成、满天星、李晋王、党家、破甲锥、八金刚、混天王、蝎子块、催山虎、冲天柱、油里滑、屹烈眼败至万荣，十余万人马损失过半，特别是李晋王、党家、破甲锥、八金刚几部几乎全军覆没，王自用所部同点灯子赵胜、闯王高迎祥、不沾泥张存孟等部会合，还是有近十七八万人马，而薛家军并没有乘胜追击，这使得三十六营的义军松了一口气，不过这些义军再不愿意跟薛家军作战，吵闹着要杀回陕西去。
自绛州兵败王自用的威信大降，又得被放回来的义军报告，薛家军愿意跟义军井水不犯河水，这使得三十六营的义军头领更无战意，甚至还恨上了李自成、张献忠两个积极主张攻打薛家军的祸包，特别是张献忠被爆出跟米脂薛家军的旧怨，愤怒的三十六营义军首领差点张献忠撕成碎片，还好在闯王高迎祥的庇护下，在武平关损失惨重的张献忠，率先从荣河逃入了陕西境内的韩城。
随后紫金梁王自用顺从众议，等到自己和点灯子的老营从大宁、石鼓来投，就率领陕西三十六营义军从韩城返回陕西，到了韩城之后义军分裂成两大股，闯王高迎祥、点灯子赵胜、不沾泥张存孟、闯将李自成、八大王张献忠、曹操罗汝才等留在陕西南部活动，紫金梁王自用率领老回回马守应、混天王、蝎子块、催山虎、冲天柱、油里滑、屹烈眼、上天猴、丫头子等北上会合绥德州的王子王照希，得知三边总督洪承畴去了山西，一举攻下了葭州城，毛知县趁乱逃走，守备郭景嵩阵亡，接着王自用再陷府谷、神木，占领了陕西整个东北角，兵锋之盛远超横天一字王王嘉胤当年。
王自用的实力还是陕西义军中的老大，不过久走夜路吃了亏的王自用，对米脂高家军寨是敬而远之，甚至在位子王照希控制的绥德州，也没有加派一兵一卒，更不要说去拿下绥德城了，就是这样王照希跟王自用还是逐渐陷入了水火不容的境地。
在薛家军和陕西义军绛州之战中，获利的除了客军曹文诏部之外，平阳府的官军有获利颇丰，薛六考虑到保护杭州至大同的商路，也为了给日后留下合作的空间，薛家军对平阳府官军奉送了大量从义军缴获的战利品，足够平阳府官军报一个歼灭上万义军的大功，而平阳府官军中，千总赵日满更是得到了查干巴日的馈赠，二人私下连续见了几次面，从此赵日满成了薛家军埋在平阳府官军里的内线。
薛六为了加强绛州和武平关的实力，征求了薛九、薛十的意见，由薛九、薛十率领本部人马，各领一千从俘虏征召的新兵，驻守绛州城和武平关，其他三千新兵补充给了薛庆益、肖参将、刘国永所部，八月十一日，薛六得知大同城生变，急忙辞别李知州、薛九、薛十等，率领本部人马和阿如罕的蒙古军返回大同城。
八月初八日，阳震雷接到潜水卫密报，大同城内城隍庙、姜子牙庙、法华寺、玄贞观、华严寺、清真寺、纯阳宫都发现不明身份者，阳震雷连夜抓捕了数名混入大同城的流民，用“柔情蜜意香”审问，才得知是这些人是剩下的官兵，潜伏在大同城的官兵不下数百人，只等总督大人洪承畴的兵马一到，就里应外合拿下大同城。
阳震雷立刻把情报报告给余大小姐，余大小姐虽然注重亲情，但是对待敌人杀伐非常果断，立刻下令费千总、王千总、汪千总把守好东南西三门，有通知心腹余三千总守住北门，随后联络罗国辉、张参将、梁参将会合总兵府人马，联合清剿大同城内潜伏的陕西明军。
从三更天开始到初九日正午，一共清剿潜伏在大同城内的陕西明军一千人，牵出大同城参与同谋的官员七人，富商士绅二十三人，涉及家小奴仆三千多人，薛家军潜水卫还在进一步深挖情报，薛家军这次清剿行动使得洪承畴原定初九日偷袭大同城的计划失败了。
八月初九日傍晚，陕西三边总督洪承畴率领延绥总兵杜文焕、延绥巡抚张福臻、延绥东路总兵尤世禄、总兵贺虎臣、副将艾万年、参将陈洪范、贺人龙、王承恩五万人马抵达大同城下，可是整个大同城是旗帜招展森严壁垒，城墙上兵马众多来回巡视，洪承畴就知道自己的计划失败了。
八月初十日晨，偷袭失败的洪承畴包围了大同城，可是陕西明军缺少攻城器具，洪承畴只好命令官兵制作简易云梯，准备趁着大同城兵力空虚一举破城，不过大同城方面够狠，一早上就砍了五千多人，从城墙上推了下来，尸体铺满了大同城四门之外，大同城未战就充满了血腥。
洪承畴知道被杀的都是自己的官军和同谋的官员士绅家人，这下子洪承畴对大同城内应再无一丝奢望，延绥巡抚张福臻说道：“总督大人，大同城再无内应，攻城恐怕劳而无功啊。”
洪承畴心里愤懑之极，大同府监军张公公、赵巡抚、李知府、余副将、大同卫罗指挥使、张参将、梁参将、图千总俱从逆贼薛云，不然自己凭着皇上的号召力，才收编到一下小鱼小虾，最后全部覆灭不说，还连累了自己一千精兵。
洪承畴说道：“张大人，事已至此，趁着薛家军主力在绛州，一鼓作气拿下大同城，端掉薛家军的老巢。”
延绥巡抚张福臻说道：“总督大人，我军千里奔袭，缺少攻城器具，要攻打大同城这样的坚城，而且失去了内应，几乎是不可能成功的。”