西南军区则主要负责四川云贵三省的防务，司令长官由李栓柱继续担纲。

东南军区则主要负责浙江、福建、两广一带的防务，司令长官由石冉担纲。

辽东军区则主要负责辽东一带的军务，司令长官由罗立担纲，但是暂时辽东还被建奴控制，辽东军区暂时驻于已经改称为北平府的顺天府和永平府，一部分暂时驻于山东登莱一带，下一步大中军势必发动第二次北伐，光复辽东之地，辽东军区方能移驻到辽东。

还有一个近卫卫戍军区现在情况比较特殊，暂时驻在南直隶，负责拱卫现在的临都南京，和中原军区防地有所交叉，但是大中朝已经决定，今后会定都北京，所以今后卫戍军区会随着都城的迁都，也会移至北平府驻防，第一任司令长官由刘耀本担纲。

至于其他跟着肖天健出身的陆师大将们，则基本上都出任了各军区的副司令长官，但是因为赵二驴因为和李栓柱素有间隙，肖天健将其调至了东南军区做了石冉的副手。

本来肖天健是想要让罗汝才出任东南军区司令长官的，这作为他对罗汝才这么多年来，对他一直俯首帖耳鼎力支持的一种嘉奖，但是在年初攻打云南之战中，罗汝才却在军前得病，险一些丢了性命，虽然后来在一些名医的努力下，保住了性命，但是身体却大不如从前了，罗汝才自己也知道没法继续在军中干下去了，平定云南之战结束之后，罗汝才便主动请辞，要求回乡荣养。

于是肖天健只好授罗汝才为定南伯，准其退出军中，并在南京城授其一座大宅，作为他退役之后荣养之所，并且由大中朝终身供养，作为对罗汝才这些年来功劳的回报，罗汝才欣然同意，就此退出了军中，回到了南京城荣养。

但是就在这次的大整编定下来之后不久，阎重喜也因为旧伤复发一病不起，无法继续担任西北军区司令长官之职，于是也请辞退役，肖天健感念于阎重喜劳苦功高，准其退役，授其为三等平西公，在洛阳授其府邸，供其颐养，西北军区司令长官则改由李凌风继任。

除了陆师之外，海军方面也进行了整编，原本统一的海军，以松江府长江口为界，划分成了北方海师和南方海师两个部分。

刘江出任海军总司令长官，原海军大将萧如风出任北方海师司令长官，刘岩明出任南方海师司令长官。

原来海军船只和人员重新划分，将一批兵将和船只划拨到了原本实力很弱的北方舰队，大大扩充了北方舰队的实力。

而北方舰队的总部则没有选在原本设施比较好的登州，而是被肖天健指定选在了浮山所，也就是后世的青岛，另外船队的驻地也选择在了浮山所和威海卫以及登州三地，作为北方海师的主要靠泊补给基地。

至于南方海师的总部则设在了宁波府，船队驻泊地则主要以舟山、温州、泉州、广州四地为主要停泊之地。

整个对军队整顿持续到天元三年年底才彻底结束，所有军队完成了整编和裁员以及换防等事务。

至于海军方面在平定海南岛之后，提出的要出兵征讨台湾，逐走霸占台湾的荷兰人之事，肖天健暂时给压了下去，原因无他，只因为随着南方诸省的平定之后，大中朝下一步用兵的重心要迅速朝北方倾斜，尽快解决盘踞在辽东的建奴，暂时肖天健不想两线用兵，只等解决了建奴这个大麻烦之后，他才会下手解决台湾甚至于琉球国乃至是吕宋的问题。

但是虽然南方诸省永历之乱虽已平定，但是永历帝朱由榔却并未被大中军擒获，在大中军攻占云南的时候，朱由榔见势不好便在一些死忠的随扈之下，落荒逃入了缅甸，被缅甸王收留。