同时桂林方面的大中军在肃清了周边明军的抵抗之后，再次挥师南下，开始对平乐府和柳州府用兵。

但是由于天气炎热，大中军的一些来自北方的老兵，在进入气候炎热的南方之后，开始出现大面积的水土不服的情况，病倒的兵将数量很多，这对于大中军的进攻来说，也造成了很大的影响，大批病患兵将不得不被后送养病，使得接下来的军事行动开始缓慢了下来。

不过幸好罗汝才在动兵之前，从湖广南部招募了不少的新兵，这些人比较适应南方的气候和水土，倒是保存了战斗力，否则的话这次行动很难再有所突破，不过因为雨季的到来，还是使得大中军在两广的行动在进入六月中旬之后，暂时不得不停止了下来。

肖天健看罢了战报之后，同意了罗汝才暂时停止进攻的请求，毕竟南方受到的兵祸比较少，大中朝想要一朝一夕便将永历朝给灭掉，也不是太可能的事情，对于严重依赖火器的大中军来说，想要在南方雨季之中继续大规模的行动，这样会造成大中军大量的伤亡，所以暂时停止行动，也是无奈的事情。

于是在进入六月底之后，南方持续了三个月时间的军事行动暂时停止了下来，战事情况又一次进入到了僵持阶段。

而肖天健在这个期间，也在南京迎来了一个很重要的“客人”，五月间西北军将他们俘虏的李自成，从陕西押送到了南京城中。

随行一起前来的还有投顺肖天健的田见秀，田见秀在抓住了李自成之后，便将李自成交给了大中军，阎重喜本来的意思是干脆就地就在汉中府，将李自成给杀了拉倒，省的李自成的余党再想办法营救他。

但是这件事阎重喜没有敢私自做决定，而是派人请示了肖天健，肖天健回复的圣旨是将李自成押赴南京受审，所以这一来一回便耽搁了不少时间，阎重喜在得到了圣旨之后，这才将李自成从西安府起运，押赴到了南京，等到了南京的时候，便已经是五月间的事情了。

李自成的被俘，使得他搭建起来的草台子大顺政权彻底瓦解，作为这个时代的一个枭雄，肖天健不知出于什么想法，想要最终见一下这个枭雄，这才在他的旨意下，促成了将李自成押赴到南京城受审。

田见秀也是随同押送人员一同抵达的南京城，对此肖天健亲自在宫中召见了田见秀，并且封田见秀为汉中侯，并且依照当初对李自成的悬赏，如约对其赏银万两，令其在兵部行走，让田见秀大为感激，连连谢恩，这样的赏赐，对于田见秀来说，已经是他最初没有敢想的事情，可见的肖天健对田见秀是相当的礼遇了，至于在兵部行走，虽然不算是什么实权的差事，但是田见秀也知道，他这个作为投奔过来的人，是无法和那些跟着肖天健打天下的军将们相比的，能捞取到这样的好处，对他来说已经足够了，而且只要他以后好好办差，也不见得没有出头之日，于是田见秀千恩万谢之后，退出了皇宫。

李自成入南京之后，便被押入了大中朝刑部大牢之中，被严密的看管了起来，按照大中朝时下的制度，李自成将会被移交到大理寺进行审判。

李自成身负沉重的脚镣枯坐于牢房之中，关押他的牢房条件并没有像他起初想象的那么阴森可怖，而且这一路上行来，除了没有自由之外，沿途押送他的那些大中军兵将也没有刻意的虐待于他，正常的吃喝基本上保证了他的需要，即便是到了南京城，也没有让他坐囚车带枷游街示众，而是低调的被大中朝的司狱接管过来，装入了一辆大车运送到了刑部大牢之中。

李自成此时早已是万念俱灰，心知已经无法幸免，当初被田见秀率人抓住的时候，他也曾经想过要避免被辱，干脆自杀拉倒，但是大中军对他的看管甚严，几次自杀企图都被看管他的人员发现制止，使得李自成数次自杀未遂。

李自成被移送到西安府之后，发现大中军并未太过为难于他，虽然膳食上比较粗糙，但是也没有刻意的饿着他，故此几次自杀未遂之后，李自成也就不再试图自杀了，只是静候着对他最后的处置。

他很清楚像他这样的人，大中朝是绝不会留下他的性命的，他被杀只是一个时间的问题，而且很可能像当年他舅舅高迎祥那样，被大明朝千刀万剐，但是这对于李自成来说，已经没有什么回旋的余地了。

假如在大中朝立国之后，他便宣布投顺大中朝的话，估计着肖天健还能给他留下性命，但是现在他已经不指望肖天健还能让他活下去了。